¿Qué es un archivo NIfTI (.nii)?

Un archivo, un volumen

NIfTI (Neuroimaging Informatics Technology Initiative) es un formato de datos de RM para investigación. Donde un escáner de hospital escribe DICOM (un archivo por corte, lleno de datos del paciente), NIfTI guarda un volumen 3D entero en un solo archivo, con solo lo que necesita el análisis: el tamaño de la rejilla, el tamaño de cada vóxel y cómo se sitúa la rejilla en el espacio.

El archivo termina en .nii, o en .nii.gz si está comprimido. Algunos contienen una serie de volúmenes en el tiempo (RMf) o en varias direcciones (difusión): es un archivo 4D.

NIfTI-1 y NIfTI-2

NIfTI-1 es la versión habitual. NIfTI-2 tiene los mismos campos con números más grandes, para imágenes muy grandes. Las dos empiezan con una cabecera fija, así que un programa las distingue por los primeros bytes.

Cómo mirar dentro

Suelta el archivo en OsonKit. Lee la cabecera y el primer volumen en tu navegador y muestra tres planos (axial, coronal y sagital) orientados como los miran los radiólogos: el lado derecho del paciente a la izquierda de la pantalla.

• Cambia de plano con el botón Plano; cada uno se abre en su corte central.
• Recorre los cortes, arrastra para cambiar el contraste y haz zoom con Ctrl + rueda.
• La sección Volumen de las etiquetas muestra el tamaño de la rejilla, el tamaño del vóxel, el tipo de datos y la orientación.

Los archivos grandes no son problema: solo se lee el primer volumen, incluso de un archivo comprimido de varios gigabytes. En un archivo 4D ves ese primer volumen.

Por qué importa dónde lo abres

Los datos de investigación vienen con consentimientos y acuerdos de uso que rara vez permiten subirlos a una web cualquiera. Un visor que funciona en el navegador te deja comprobar un archivo (el participante correcto, la orientación correcta, que no esté dañado) sin que los datos salgan de tu ordenador.