Qu’est-ce qu’un fichier NIfTI (.nii) ?

Un fichier, un volume

NIfTI (Neuroimaging Informatics Technology Initiative) est un format de données IRM pour la recherche. Là où l’appareil d’un hôpital écrit du DICOM, un fichier par coupe rempli de données du patient, NIfTI garde tout un volume 3D dans un seul fichier, avec seulement ce dont l’analyse a besoin : la taille de la grille, la taille de chaque voxel et la position de la grille dans l’espace.

Le fichier se termine par .nii, ou .nii.gz s’il est compressé. Certains fichiers contiennent une suite de volumes dans le temps (IRMf) ou selon des directions (imagerie de diffusion) : c’est un fichier 4D.

NIfTI-1 et NIfTI-2

NIfTI-1 est la version courante. NIfTI-2 a les mêmes champs avec des nombres plus grands, pour les très grosses images. Les deux commencent par un en-tête fixe, si bien qu’un programme les distingue dès les premiers octets.

Explorer un fichier

Déposez le fichier sur OsonKit. Il lit l’en-tête et le premier volume dans votre navigateur et affiche trois plans (axial, coronal et sagittal) orientés comme les regardent les radiologues : le côté droit du patient à gauche de l’écran.

• Changez de plan avec le bouton Plan ; chacun s’ouvre sur sa coupe du milieu.
• Faites défiler les coupes, faites glisser pour changer le contraste, zoomez avec Ctrl + molette.
• Les balises Volume indiquent la taille de la grille, la taille du voxel, le type de données et l’orientation.

Les gros fichiers ne posent pas de problème : seul le premier volume est lu, même dans un fichier compressé de plusieurs gigaoctets. Dans un fichier 4D, c’est ce premier volume que vous voyez.

Pourquoi l’endroit où vous l’ouvrez compte

Les données de recherche s’accompagnent de formulaires de consentement et d’accords de partage qui autorisent rarement leur envoi sur un site quelconque. Une visionneuse qui fonctionne dans le navigateur vous permet de vérifier un fichier (le bon sujet, la bonne orientation, pas de corruption) sans que les données quittent votre machine.