O que é um arquivo NIfTI (.nii)?

Um arquivo, um volume

NIfTI (Neuroimaging Informatics Technology Initiative) é um formato de dados de ressonância para pesquisa. Enquanto o aparelho do hospital grava DICOM (um arquivo por corte, cheio de dados do paciente), o NIfTI guarda um volume 3D inteiro num único arquivo, só com o que a análise precisa: o tamanho da grade, o tamanho de cada voxel e a posição da grade no espaço.

O arquivo termina em .nii, ou em .nii.gz quando está comprimido. Alguns arquivos guardam uma série de volumes ao longo do tempo (fMRI) ou em várias direções (imagem por difusão): é um arquivo 4D.

NIfTI-1 e NIfTI-2

O NIfTI-1 é a versão comum. O NIfTI-2 tem os mesmos campos com números maiores, para imagens muito grandes. Os dois começam com um cabeçalho fixo, então um programa os diferencia pelos primeiros bytes.

Olhando dentro de um

Solte o arquivo no OsonKit. Ele lê o cabeçalho e o primeiro volume no navegador e mostra três planos (axial, coronal e sagital) orientados como os radiologistas olham: o lado direito do paciente à esquerda da tela.

• Troque de plano com o botão Plano; cada um abre no corte do meio.
• Role pelos cortes, arraste para mudar o contraste, dê zoom com Ctrl + roda.
• As tags de Volume mostram o tamanho da grade, o tamanho do voxel, o tipo de dados e a orientação.

Arquivos grandes não são problema: só o primeiro volume é lido, mesmo de um arquivo comprimido de vários gigabytes. Num arquivo 4D, você vê esse primeiro volume.

Por que importa onde você abre

Dados de pesquisa vêm com termos de consentimento e acordos de uso que raramente permitem enviá-los a um site qualquer. Um visualizador que roda no navegador deixa você conferir um arquivo (o participante certo, a orientação certa, sem corrupção) sem que os dados saiam da sua máquina.