Что такое файл NIfTI (.nii)?

Один файл — один объём

NIfTI (Neuroimaging Informatics Technology Initiative) — формат данных МРТ для исследований. Больничный томограф пишет DICOM — по файлу на срез, с данными пациента, — а NIfTI хранит весь 3D-объём в одном файле и только то, что нужно для анализа: размер сетки, размер вокселя и как сетка расположена в пространстве.

Файл заканчивается на .nii или на .nii.gz, если он сжат. В некоторых файлах несколько объёмов — во времени (фМРТ) или по направлениям (диффузионная МРТ); это 4D-файл.

NIfTI-1 и NIfTI-2

NIfTI-1 — самая распространённая версия. В NIfTI-2 те же поля, но для больших чисел — для очень крупных изображений. Обе начинаются с фиксированного заголовка, поэтому программа различает их по первым байтам.

Как заглянуть внутрь

Перетащите файл на OsonKit. Он прочитает заголовок и первый объём в браузере и покажет три плоскости — аксиальную, корональную и сагиттальную — так, как смотрят рентгенологи: правая сторона пациента слева на экране.

• Кнопка Плоскость переключает плоскость; каждая открывается на среднем срезе.
• Листайте срезы, перетаскиванием меняйте контраст, масштабируйте через Ctrl + колесо.
• Раздел Объём в тегах показывает размер сетки, размер вокселя, тип данных и ориентацию.

Большие файлы не проблема: читается только первый объём, даже из сжатого файла на несколько гигабайт. В 4D-файле вы видите этот первый объём.

Почему важно, где открывать

К исследовательским данным прилагаются согласия участников и соглашения об их использовании, которые редко разрешают загружать файлы на случайный сайт. Просмотрщик в браузере позволяет проверить файл — тот ли участник, правильная ли ориентация, не повреждён ли — так, чтобы данные не покидали ваш компьютер.