什么是 NIfTI（.nii）文件？

一个文件，一个体积

NIfTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）是科研中使用的 MRI 数据格式。医院的扫描仪写出的是 DICOM——每个层面一个文件，满是患者信息；而 NIfTI 把整个 3D 体积放在一个文件里，只保留分析所需的信息：网格的尺寸、每个体素的大小，以及网格在空间中的位置。

文件以 .nii 结尾，压缩后以 .nii.gz 结尾。有些文件包含随时间变化（fMRI）或沿不同方向（弥散成像）的一系列体积——这就是 4D 文件。

NIfTI-1 和 NIfTI-2

NIfTI-1 是常用版本。NIfTI-2 字段相同，但数值范围更大，用于非常大的图像。两者都以固定的文件头开始，所以程序从开头几个字节就能区分它们。

查看其内容

把文件拖放到 OsonKit 上。它在浏览器中读取文件头和第一个体积，按放射科医生的习惯显示三个平面——轴位、冠状位和矢状位：患者右侧在屏幕左侧。

• 用 平面 按钮切换平面；每个平面都从中间层面打开。
• 滚动浏览各层面，拖动改变对比度，Ctrl + 滚轮缩放。
• 体积 标签显示网格尺寸、体素大小、数据类型和方向。

大文件也没问题：即使是几 GB 的压缩文件，也只读取第一个体积。在 4D 文件中，你看到的就是这第一个体积。

为什么在哪里打开很重要

科研数据附带知情同意书和数据协议，很少允许上传到随便哪个网站。在浏览器中运行的查看器让你可以检查文件——受试者对不对、方向对不对、有没有损坏——而数据不离开你的电脑。