Was ist eine NIfTI-Datei (.nii)?

Eine Datei, ein Volumen

NIfTI (Neuroimaging Informatics Technology Initiative) ist ein Format für MRT-Daten in der Forschung. Während ein Klinikscanner DICOM schreibt (eine Datei pro Schicht, voller Patientendaten), speichert NIfTI ein ganzes 3D-Volumen in einer einzigen Datei, nur mit dem, was die Auswertung braucht: der Größe des Gitters, der Größe jedes Voxels und der Lage des Gitters im Raum.

Die Datei endet auf .nii, oder auf .nii.gz, wenn sie komprimiert ist. Manche Dateien enthalten eine Reihe von Volumen über die Zeit (fMRT) oder in verschiedene Richtungen (Diffusionsbildgebung): eine 4D-Datei.

NIfTI-1 und NIfTI-2

NIfTI-1 ist die übliche Version. NIfTI-2 hat dieselben Felder mit größeren Zahlen, für sehr große Bilder. Beide beginnen mit einem festen Header, ein Programm kann sie also an den ersten Bytes unterscheiden.

Hineinsehen

Ziehen Sie die Datei auf OsonKit. Es liest den Header und das erste Volumen im Browser und zeigt drei Ebenen (axial, koronal und sagittal), so ausgerichtet, wie Radiologen sie betrachten: die rechte Seite des Patienten links auf dem Bildschirm.

• Wechseln Sie die Ebene mit der Schaltfläche Ebene; jede öffnet sich auf ihrer mittleren Schicht.
• Blättern Sie durch die Schichten, ziehen Sie für den Kontrast, zoomen Sie mit Strg + Mausrad.
• Die Tags unter Volumen zeigen Gittergröße, Voxelgröße, Datentyp und Ausrichtung.

Große Dateien sind kein Problem: Nur das erste Volumen wird gelesen, selbst aus einer komprimierten Datei von mehreren Gigabyte. Bei einer 4D-Datei sehen Sie dieses erste Volumen.

Warum es wichtig ist, wo Sie sie öffnen

Forschungsdaten kommen mit Einwilligungserklärungen und Datennutzungsvereinbarungen, die ein Hochladen auf irgendeine Website selten erlauben. Ein Viewer im Browser lässt Sie eine Datei prüfen (der richtige Proband, die richtige Ausrichtung, nicht beschädigt), ohne dass die Daten Ihren Rechner verlassen.