NIfTI（.nii）ファイルとは？

1 ファイルに 1 ボリューム

NIfTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）は、研究用の MRI データの形式です。病院の装置が書き出す DICOM がスライスごとに 1 ファイルで患者情報を多く含むのに対し、NIfTI は 3D ボリューム全体を 1 つのファイルに収め、解析に必要な情報だけを持ちます。グリッドの大きさ、各ボクセルの大きさ、そしてグリッドが空間のどこにあるかです。

ファイル名は .nii、圧縮されていれば .nii.gz で終わります。時間ごと（fMRI）や方向ごと（拡散強調画像）に一連のボリュームを持つファイルもあり、これを 4D ファイルと呼びます。

NIfTI-1 と NIfTI-2

一般的なのは NIfTI-1 です。NIfTI-2 は同じ項目をより大きな数値で持ち、非常に大きな画像に使われます。どちらも固定長のヘッダーで始まるので、プログラムは先頭のバイトで区別できます。

中を見る

ファイルを OsonKit にドロップします。ヘッダーと最初のボリュームをブラウザで読み込み、横断・冠状断・矢状断の 3 断面を、放射線科医が見るのと同じ向き（患者の右側が画面の左側）で表示します。

• 断面 ボタンで断面を切り替えます。それぞれ中央のスライスで開きます。
• スライスをスクロールし、ドラッグでコントラストを変え、Ctrl + ホイールでズームします。
• ボリューム のタグに、グリッドの大きさ、ボクセルの大きさ、データ型、向きが表示されます。

大きなファイルでも問題ありません。数 GB の圧縮ファイルでも、読み込むのは最初のボリュームだけです。4D ファイルで表示されるのも、この最初のボリュームです。

どこで開くかが大切な理由

研究データには、同意書やデータ利用契約がついてきます。どこかのサイトへのアップロードが許されることはまずありません。ブラウザで動くビューアーなら、データをパソコンの外に出さずに、正しい被験者か、向きは合っているか、壊れていないかを確認できます。